mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGCTGCCCTG GGGCTTGTCTCTTTTGGCAGG GGGGCTTGTCTCTTTTGGCAGGTAATGGTGATTACTTTGGATTAATTTAGAGCTACCAAAATATGTCTTATATAGTAATCAACTTGCCAAAGGAGAGCTGCCCTGTGAGTGTTTGATTTACACACTTGTCTCCT GGGGCTTGTCTCTTTTGGCAGGTAATGGTGATTACTTTGGATTAATTTAGAGCTACCAAAATATGTCTTATATAGTAATCAACTTGCCAAAGGAGAGCTGCCCTGTGAGTGTTTGATTTACACACTTGTCTCCTTTGCCTGCATGCAATGAATGATGCCATGCAACTATATATTGAAAAAGGTAATGTGTATGTGAGCTGAATTCATTCGAAAAGAATTAATTCATAGTTTGATAGAAATATTTTGTTTTTTTTAGGACATCTAGAAGTTAAAGACAAATTACTTAATCGATTTTTCAAAGAATTATTTTGTACTGATGCAAAATACTACATTATATTATAAAATAAAGTGTTTTGCATTAATAAAATATTTCGTTCGAAAGTCGATCAAGTAATATTTCTTAAATTATCTTTTGAGCCCACACTTGATTTGCATAGAANAATCATTATAGTTATCAAGATTTCAATGACATGGAAAGAGGAGTGATAGTAAAAAAACTTTCAAACTCAGGTACAATAGTATAAGTTAAACTTTATTAGAAATTAGAAAATCATA 2 2 3' arm Glycine_max mirnest mir-399 0.0000001 mtr-MIR399b 0.000000000007 -46 (((((..((((((((((((((((.....((((((((..((((..((((..........))))..)))).....))))))))))))))))))))))).).)))))..((((((.((...)).))))))....... (-46)