mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCAGTGTTCAGACTACCTGTTC ACAGTAGTCCGCACATTGGTTA CCTCCCCCTCGCCTGCCCAGTGTTCAGACTACCTGTTCATCATGCTGCAGCTGAACAGTAGTCCGCACATTGGTTAGGCTGGGCTGGGACACACACAC 3 1 5' arm Danio_rerio mirbase mir-199 9e-48 fru-mir-199-3 6e-27 -43.1 ..(((((((.(((((.(((((((.(.((((((.((((((....((....)))))))))))))).).))))))).))))).)))..))))......... (-43.10)