mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAACACTGTCTGGTAACGATGT ATCTTACCGGACAGTGCTGGA GGCACTTAGCAGCCATCTTACCGGACAGTGCTGGACTGTATAACTGTTTTCTAACACTGTCTGGTAACGATGTTTGTTGGGTGACC 2 1 3' arm Danio_rerio mirbase mir-8 4e-37 fru-mir-200a 2e-17 -41.44 ((((((((((((.(((((((((((((((((.((((..............)))).))))))))))))).)))).)))))))))).)) (-41.44)