mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATGCCCCTAAAAATCCTTAT GAGGGACTTTTAGGGGCAGCTGT AGGCAGCAAGAAAAATGAGGGACTTTTAGGGGCAGCTGTGTTTTATTAACCCAGTCATAATGCCCCTAAAAATCCTTATTGCTCTTGCAATTTTCAGC 4 1 3' arm Danio_rerio mirbase mir-365 3e-44 fru-mir-365 5e-43 -39.7 .....((((((..((((((((..(((((((((((((((.(((.....))).)))).....))))))))))).))))))))..)))))).......... (-39.70)