mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATGCCCCTAAAAATCCTTAT GAGGGACTTTTAGGGGCAGCTGT AAGTCAGCAAGAAAAGTGAGGGACTTTTAGGGGCAGCTGTGTTATACTGACCCAGTCATAATGCCCCTAAAAATCCTTATTGCTCTTGCAGTGCTCAAC 4 1 3' arm Danio_rerio mirbase mir-365 8e-33 dre-mir-365-3 2e-51 -39.8 ......((((((..((((((((..(((((((((((((((.(((.....))).)))).....))))))))))).))))))))..)))))).......... (-39.80)