mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCTGCTTAGCTATGGATCCC CTTCCATATCTGGGGAGCTTC AAACATTAATTAAAGGGGATTATGAAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATTGAGGATCTTACTGGGTGAATTGAGCTGCTTAGCTATGGATCCCACAGTTCTACCCATCAATAAGTGCTTTTGTGGTAGTCTTGTGGCTTCCATATCTGGGGAGCTTCATTTGCCTTTATAGTATTAACCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCCTTCTCTTCTTTTCTCTC TTCTAGCTAGCTAGGGTTTGGGTAGTGAGTGTAATAAAGTTGCAAAGTTTTTGGTTAGGTTACGTTTTGACCTTATTATTATAGTTCAAAGGGAAACATTAATTAAAGGGGATTATGAAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATTGAGGATCTTACTGGGTGAATTGAGCTGCTTAGCTATGGATCCCACAGTTCTACCCATCAATAAGTGCTTTTGTGGTAGTCTTGTGGCTTCCATATCTGGGGAGCTTCATTTGCCTTTATAGTATTAACCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCCTTCTCTTCTTTTCTCTCATAATAATTTAAATTTGTTATAGACTCTAAACTTTAAATGTTTTTTTTGAAGTTTTTCCGTTTTTCTCTTTTGCCATGATCCCGTTCTTGCTGTGGAGTAACCTTGTCCGAGGTATGTGCATGATTAGATCCATACTTAATTTGTGTGCATCACGAAGGTGAGGTTGAAATGAACTTTGCTTTTTTGACCTTTTAG 4 0 5' arm Glycine_max mirnest MIR159 1e-18 gma-MIR159a 3e-117 -79.2 ...........((((((((.......((((((((((((..(((((((..((((....((((((((((((.(((((.(((((.((((((..((((((..(((((((.((.....))....)).)))))..))))))..)))))).))))).))))).))))))))....))))....))))..)))))))..)))))))))))).......))))))))...... (-79.2)