mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTGAAGTCCAATTG GGATTATGAAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATTGAGGATCTTACTGGGTGAATTGAGCTGCTTAGCTATGGATCCCACAGTTCTACCCATCAATAAGTGCTTTTGTGGTAGTCTTGTGGCTTCCATATCTGGGGAGCTTCATTTGCCTTTATAGTATTAACCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCCTTCTC TTCTAGCTAGCTAGGGTTTGGGTAGTGAGTGTAATAAAGTTGCAAAGTTTTTGGTTAGGTTACGTTTTGACCTTATTATTATAGTTCAAAGGGAAACATTAATTAAAGGGGATTATGAAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATTGAGGATCTTACTGGGTGAATTGAGCTGCTTAGCTATGGATCCCACAGTTCTACCCATCAATAAGTGCTTTTGTGGTAGTCTTGTGGCTTCCATATCTGGGGAGCTTCATTTGCCTTTATAGTATTAACCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCCTTCTCTTCTTTTCTCTCATAATAATTTAAATTTGTTATAGACTCTAAACTTTAAATGTTTTTTTTGAAGTTTTTCCGTTTTTCTCTTTTGCCATGATCCCGTTCTTGCTGTGGAGTAACCTTGTCCGAGGTATGTGCATGATTAGATCCATACTTAATTTGTGTGCATCACGAAGGTGAGGTTGAAATGAACTTTGCTTTTTTGACCTTTTAG 3 0 3' arm Glycine_max mirnest MIR159 9e-19 gma-MIR159a 1e-106 -75.4 ..........((((((((((((..(((((((..((((....((((((((((((.(((((.(((((.((((((..((((((..(((((((.((.....))....)).)))))..))))))..)))))).))))).))))).))))))))....))))....))))..)))))))..))))))))))))......... (-75.4)