mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGTGCAATATTGCTAATAGGG CTATCAGTATTGCCTCTGCT TTGCAGGTCATTTGAGAATTAATCCTAATTCTTGGGACCCTATCAGTATTGCCTCTGCTGTCCACTGTGTTCAGAGTAGTGCAATATTGCTAATAGGGTTTTAGGTTTTAGGTTGTACCTTCAG 1 4 3' arm Danio_rerio mirbase mir-454 2e-58 oan-mir-454 0.00000003 -42.84 .((.((((((.............(((((..((((((((((((((((((((((..(((((.....(((....)))))))).)))))))))...)))))))))))))..))))).)).)))).)). (-42.84)