mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGACATCATATGTACGGCTGC GGTCGTATGTATGACGTCATTTA ACTGACTTGAGTGGTGGCCTGGTGGTCGTATGTATGACGTCATTTACTTCAAAGTTTGGAGTGACATCATATGTACGGCTGCTAAACTGCTACATGGCTCATCA 3 0 3' arm Danio_rerio mirbase mir-489 8e-36 fru-mir-489 2e-30 -42.3 .......(((((.(((((.(((..(((((((((((((.((((((((((....)))...))))))).)))))))))))))..)))....)))))...)))))... (-42.30)