mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAAGACTTGCAGTGATGTTTA AACATCACTTTAAGTCTGTGCT ACTGAGAGGGAGGCAGTTAAGACTTGCAGTGATGTTTAGAGAAATGTCACATGAACATCACTTTAAGTCTGTGCTGGCTCCTGTTCTGAGT 3 0 5' arm Danio_rerio mirbase mir-499 3e-44 gga-mir-499 0.00000000000002 -42.5 (((.((((((((.((((..(((((((.(((((((((((..((....))...))))))))))).)))))))..)))).)))))..))).))) (-42.50)