mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGCTCTCTATACTTCTGTCA ACAGAAGATAGAGAGCACAG TACTTGGTAATTAAGGTTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATGATATGCATATTATATAATATATAGCAGGGAACTCATGATGAATTGTGCATCTTACTCCTTTGTGCTCTCTATACTTCTGTCATCACCTTCAGCCTCCATTT ACGAGATTCTTCTCTGCTATTTTATCCCTCCTTTGATGATTATCATCCCTTTCGTATCTCTATGTTTAGGGGGAGGTAACAGTGCATGGGGTGTAGAAGAATAGGGGAAAAGATGAGAAGGAGGCACTGCTACTTGGTAATTAAGGTTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATGATATGCATATTATATAATATATAGCAGGGAACTCATGATGAATTGTGCATCTTACTCCTTTGTGCTCTCTATACTTCTGTCATCACCTTCAGCCTCCATTTCTCACTATTCCCCCTCTACACCAACTGTTAGCTAGTGTAGTATATACTTCGTTTCTATCTACTGGAACTATAATTCATATATAAATTACTTTAATAAGCCTGTTCATATATAATAATTTGATGTTCACCCTGGGTATNTAT 0 1 3' arm Glycine_max mirnest 100 gma-MIR156d 5e-81 -47.4 ....(((.....(((((...(((((((((((((((((((((((.(((((.(((((((...(((..........((....))....)))...))))))).))).)).)))))))))))))).)))))))))..)))))......)))... (-47.4)