mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACAGGCTATGCTAATCTATG TTAATTAGTATAGCCTGTTTTA TCTGAATTGATGATTCTGGCTTTAATTAGTATAGCCTGTTTTAGTGATCACATCAATTCTTTACAGGCTATGCTAATCTATGCCAGAATTAGCAATGCATGTGG 6 0 3' arm Danio_rerio mirbase 100 100 -42.1 ..((.((((.((((((((((....(((((((((((((((.....((((...)))).......)))))))))))))))....)))))))))).)))).))..... (-42.10)