mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAGTGAAAGGTGACTGAGAC CTTGGTCACTATTCACTTTCA GGCAGAATGTTACAAAATGGCAGCCTTGGTCACTATTCACTTTCATGTTTGGATAATAAATTTACTGAAAGTGAAAGGTGACTGAGACTGTCATTCTGGCTAACATCTCC 4 0 3' arm Danio_rerio mirbase 100 100 -45.6 ((.(((.(((((((.((((((((.((..((((((.((((((((((.(((((.....)))))....)))))))))).))))))..)).)))))))).))..)))))))))) (-45.60)