mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTTCCTGGCT CTGGGAACAGGCAGGGCACG CCAAAGGGTGAGGGAGTTAACAGGAAGAGACAGGACAAAGGCTGGGAACAGGCAGGGCACGAATGGAGCTATCAACAGAAAATGGTAAAGTGAGAATGAAAGGAGAGAGAGAGAGAGAGATCTGTTGTGGCTACGCTCATGCACTGCCTCTTTCCTGGCTTCTGTTTTTTTCTTATTCAACTCCATTTCCCTCTCTAT TGAAAGCCCAGTTTTGAGAGGGTAATATTTGAGAATTGAGGGAACCTTGTTAGAACTTAGAAGGGACATTTTCTGGGCAAAGGTGGTTAATAATGTTGATAAGGATTGAGGTAAGTTAATCCATCCAAAGGGTGAGGGAGTTAACAGGAAGAGACAGGACAAAGGCTGGGAACAGGCAGGGCACGAATGGAGCTATCAACAGAAAATGGTAAAGTGAGAATGAAAGGAGAGAGAGAGAGAGAGATCTGTTGTGGCTACGCTCATGCACTGCCTCTTTCCTGGCTTCTGTTTTTTTCTTATTCAACTCCATTTCCCTCTCTATTTATTTATTTATTTGTTATTTATGGAATGTGCTTCTCTAATCTGTTATCCAAATGTGTTAAAGGGTTCAAATGAACATTTTATCTGCTACGCAATTAGATTTGCTCTAGGTGTTGCTGCTCTATTTGACGCAATGT 2 1 3' arm Glycine_max mirnest MIR408 5e-39 ahy-MIR408 0.000003 -62.763 ....((((.((.((((((...(((((((((((((.....(((((((((.((((((.(((.((.((.(((((.(((((((.........................................)))))))))))).)).)).))).))))))..)))))))))))))))))))))).....)))))).)).))))...... (-62.763)