mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT CAGGGGAACAGGCAGAGCATG AGGTAATAATAGTTAGAGACAGGACAAAGCAGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAGCTATCAACACAATATTGTCAAGAAACTGAGAGTGAGAGGAGAAATATGTTGTGGTTCTGCTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTGTCTCCATTTCTCCTTCCCTTATT TTTTGTGCGTAATGTAGTTAATTAGACAAATTTCTAATGTGAGAATCTTTCTGAGAATGAGATGTTGCTAAATATTTCGGATGTTGTCGACAAGGATGAGGTAATAATAGTTAGAGACAGGACAAAGCAGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAGCTATCAACACAATATTGTCAAGAAACTGAGAGTGAGAGGAGAAATATGTTGTGGTTCTGCTCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTGTCTCCATTTCTCCTTCCCTTATTTATTTTTTGATTTATTGAGTATGATCTGTTTTCAAATGTGTTCATAGGTTCAACTTATTAAGGTACGAACATACTCTGGGCATTGAAAACTGGTTTGACTCTTGAACATATTCCGCACCACTAATCTTTCTTGTAATCCAGGCTCACGCACGATCACTATAAGGTCCCACATTCTTAGTGGCCTAATCGTTGGAAAATGCTACTTTGGCACTACTTGATGAATTGTATGGCTGGGATTTTTTTCCCTTGCTTGTAGAATCCTCTCAATTTATGTAACCATCGTGTACTCATTTACATGTCATCAAATTTTGAATGAGATGTGATATACATAGAACAATTTGTATGACCTCATTTTCTGTGTTATTTCTCTCCATCAATATCATTTTCTAAATCTCAAAATTCTCTCTTTTTTCTTAGTTGTAGAAGTTATTGTTT 3 0 3' arm Glycine_max mirnest MIR408 0.0000000002 vvi-MIR408 0.0000000006 -55.7 ...............((((..(((((.(((.((((((.((((((.((((((.((((((((.(((((...((((.((.....(((...))).....))..))))))))))))))))).)))))).)))))).)))))).))).))))).....))))........... (-55.7)