mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACAGTATAGATGATGTACT GATATCATCTAATACTGTAAG CCTGGACAGGATATCATCTAATACTGTAAGTTTATTAAAGAGACACTACAGTATAGATGATGTACTATCCAGG 1 1 3' arm Fugu_rubripes mirbase mir-144 5e-30 tni-mir-144 7e-29 -31.7 ((((((.((.((((((((((.(((((((.((((.......))))..))))))))))))))))).)).)))))) (-31.70)