mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGAAAGCTGTGGGAGAATAT GCTTTTCCACAGCTTTCTTGA CTCAAGTCCTGGTCATGCTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCTTATGCATCTTATATCTCTCCACCTCCAGGATTTTAAGCCCTAGAAGCTCAAGAAAGCTGTGGGAGAATATGGCAATTCAGGCT GCACGAGGCGAGAAACTTTGTATGGGCATGGTTATTTCTCACTTCTCACCCTCCTTTACTTTCTTATGCTAAATCCTCCTTCCCCTATATCTCCACCCTCAACCCCTTTTTCTCATTATAACTTTTGGTGCCTAGATGGTGTGTGTGTGTGCGCGCGAGAGATCTGAGCTCAATTTTCCTCTCTCAAGTCCTGGTCATGCTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCTTATGCATCTTATATCTCTCCACCTCCAGGATTTTAAGCCCTAGAAGCTCAAGAAAGCTGTGGGAGAATATGGCAATTCAGGCTTTTAATTGCTTTCATTTGGTACCATCACTTGCAAGATTTCAGAGTACAAGGTGAACACACACATCTTCCTCTTCATCAATTCTCTAGTTTCATCCTTATCTTTTCATTCACGGTAACTCTCACTACCCTCTTTCATCTTATAAGTTATACCGGGGGTGTGATGTTGATGAGTGTAAATTAAATATATGTGATCTCTTTCTCTGGAAAAATTTTCAGTGTGATATACATANNNATCTCTTAATCTAGAGATTTTATGGCTTTGTTATATATAAG 1 0 3' arm Glycine_max mirnest MIR396 5e-19 gma-MIR396b 2e-67 -45.1 ....((.((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((.......((((.((((...........))))..))))....))))).))))))))))))))))))).))))))....)))))) (-45.1)