mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCGGTTCAATAAAGCTGTGG ACAGCTTTCTTGAACTGCATC CTTCAATATCATGGCTCTCTTTGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCCAAAGAGTTCCTTTGCATGCATGCCATGGCACTCTTACTCCCAAATCTTGTTTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACAGATAGGGTCAACAACGGACT CTTAGCTTAGCCTTCTCCTATTCTGGACCTCTGTCCCTTCCTCTTGATTAGGGTTCTAATTATGTTATGAACCTTCCATGCTTTTATTTTTCTTTTAAAAAAAGAATAAAGAAAACCCTACATATGGGTTTGTGGGGTATATTCAGTCTTCAATATCATGGCTCTCTTTGTATTCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCCAAAGAGTTCCTTTGCATGCATGCCATGGCACTCTTACTCCCAAATCTTGTTTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACAGATAGGGTCAACAACGGACTAGCTTATCTCAAACTCCAGATTCTTCTCTAAATCTTCCTATCCAATTATATATAGGGATAAAATTATTGCAAAGTATTTTTTTTCCTTTTTCTTTTGTGATTTGACTTAATTTAAATCATTTTCAGATTTAAACCATCGACTTTTCAGATATATCTCTATATGTGATCAGAATTCTCAGATGCAGTATTATGAGAGAATAAACTTGTACCAATTGGGTAGATTTGTGACGATGATGAGGAAGAGGATATGATGATTCCCCAACAATTTGGCTTCTTTCTGGAATTANACCGATCAGCAATTCCAGGCTTANACGAGAGGGGAACATAT 1 0 3' arm Glycine_max mirnest MIR396 4e-17 gma-MIR396a 1e-75 -57.8 ...........(((((((.((((((((.((((((((((((.((((((((((..((((((((.((...(((....)))...)).)))))............)))...)))))))))).)))))))))))).)))))))).))))))).......... (-57.8)