mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCAGTTTGTCAAATACCCC CACTTAGTGTATTTGACAAGCTGTTCTTGACACTCTTTATACGCGAGTGTCAGTTTGTCAAATACCCCAAGTGAGGTGTCACTTGTCTG 2 6 3' arm Fugu_rubripes mirbase mir-223 1e-43 tni-mir-223 8e-26 -32.9 ........((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))..(((((((....))))))).... (-32.90)