mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT ACATACTTCTTTATGTACCCAT ATTACCTCCTTAGTGTACATACTTCTTTATGTACCCATATGAACATATGATAACTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATTCTTGGTGAGGTGA 2 0 3' arm Tetraodon_nigroviridis mirbase mir-1 3e-35 fru-mir-1 2e-35 -36.4 .(((((((((.((.((((((((((((((((((.(((((((....)))))........)).)))))))))))))))))).)).)).))))))) (-36.40)