mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCTGCAT GTAGCATCATCAAGATTCA TGACAGTCGTTGTTTGCGGATGTAGCATCATCAAGATTCACATGCAAATGAAGGTGGGTGGGACTATGATGCAATCCAAGTGCTCTGCCAATCCATCGGTCTTTTTGATGTGAGAATCTTGATGATGCTGCATCAGCCATAAACGGCTTTA CTCAATTTTCCGTGTCCCCTCTTTCTTTTCTATTTTTTACCCGCTCTTTGCTTTCTCTCTGTTTGATGTTGTTCCCCCCTTCTTTTTATTTTATTTTTTCTCTAGACAATTTTCCGTGACATTAATTGGTCTTCACTCTGAGTAACCTATAAGTCTTTTTACCCCTATATAAGTTTCACTAAGTTTGGTAATAATGCAAGCTTCTAAATATATATGCGCATATGTGTATATGTACCTTTCTTTGTCAGCAGCTATAGTTGCATGGACAGATTGACAGTCGTTGTTTGCGGATGTAGCATCATCAAGATTCACATGCAAATGAAGGTGGGTGGGACTATGATGCAATCCAAGTGCTCTGCCAATCCATCGGTCTTTTTGATGTGAGAATCTTGATGATGCTGCATCAGCCATAAACGGCTTTAAAAAGTTGAACAAGTACTAGTTGAACCCCCCAATAAAAGAGAGGAGATAAAAAAAAAGTGTGTGTAGGTCTACACACAGCTCAGACTTCCAGATACTGTCCATGAGATCATGATGCATAACAAGACAGACAATCCTAGGTTATCGAACATTGGCTATTTGGATTTTGGAG 0 2 3' arm Glycine_max mirnest mir-172 0.0000000000006 gma-MIR172b 3e-82 -62.2 ....(((((((....((.(((((((((((((((((((((((((.((((.((.(((((((.((.....((.(((.......)))))..)).)))))))..))..))))))))))..))))))))))))))))))).))....)))))))... (-62.2)