mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCC AATGCAGTGTGGTCCAAGG TCAACAAGATCGGGAAGCTCACGTCTTGAGGGGAATGCAGTGTGGTCCAAGGAGATGATATATCACTTCACCATACTCATATCTTCACAAACTCATCAGATTCAGATGTAATAATAATTTGTAATATATGCATATTATGTCTCCTCGGACCAGGCTTCATTCCCTTCAATTACAGCTTCCATCATCTAAACCA CATTTCATTCCTTAAGGGAACATGATGTTATGCCTTCTTGGAGAGATCACAACGATCGAGCCAAACACAACCTAAAACACCTTATTTGTACCAAAGGGTACTCAGATCAGGTTCCAGATATAGCTAATCAACAAGATCGGGAAGCTCACGTCTTGAGGGGAATGCAGTGTGGTCCAAGGAGATGATATATCACTTCACCATACTCATATCTTCACAAACTCATCAGATTCAGATGTAATAATAATTTGTAATATATGCATATTATGTCTCCTCGGACCAGGCTTCATTCCCTTCAATTACAGCTTCCATCATCTAAACCAATACAAATCGGTGTTCTTCTCTTCTCTCTCAGCTTTCAACCGATCGATCAGTTTCATGTATATAAAACACTTTCCAGGTCAGTTATAATTATTTTCTTTTTCTTTCAATTTTCAGCCTTTTTTTTGGGTGAATATTTTAAGCTATTTATTTATGATAGACTCATTTGTTAGCCTTACGCGTTAATTGTGTTCTTCTTTTTTTTTACCTGTGGAGATTCATGGTGAGATACTGAGATTCACTGGTGGATCCGTGTAATGATGATAAAAAGATTTGACTACACTGCACATGTTCCCTTCTTGTCTTCAACAGAACAAGAAAAAGGCAGCCATCATCATTTGCTTTTGAATTCTGGTTTTACTTATTTTTAGATCTTTCTTGTGTAATGGTTGTTTTTCAGTTTCAGTGTCCTATATATCATTCTGTTGTTACCTGTTTTCAATCATTGGATCTGAATTTCTCATGATGAGTATCAAGAGATCTCATGTGTGTCTGCCTATATTTATAGGATCTGTTTTAGGTTTTCATAGCAACATGTAGACTTTACTAATAGAA 3 0 3' arm Glycine_max mirnest mir-166 0.00001 ptc-MIR166i 0.00000001 -56.99 ......((((..(((((((...((.((((((((((((.(((.((((((.(((((((..((((((........................................))))))...(((((.((((.....)))).)))))))))))).)))))).))).))))))))))))..)))))))))...))))...... (-56.99)