mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCACCAGTTGAAATCAGAGC CTGGTTGCAACTGGTGGATAGTGTTCTGTTGTAG CAATCTTCCTCTACTGCCTGGTTGCAACTGGTGGATAGTGTTCTGTTGTAGAGTCGATCTAAGCACCAGTTGAAATCAGAGCTGTAGGGGAAGACCCTCAT 3 14 3' arm Strongylocentrotus_purpuratus mirbase 100 100 -46.1 ...(((((((((((.((((((((.((((((((((((((....))))).((((.....))))..))))))))).)))))).)).)))))))))))....... (-46.10)