mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGCAAGATGTTGGCATAGCT CTGTGTCTTCATACTGCCATT TACAAACCAGTGGAGAAAAGGCAAGATGTTGGCATAGCTGTGATTTAAATATTAACCCAGCTGTGTCTTCATACTGCCATTTATTCACTTGGTTGTTCG 5 0 5' arm Strongylocentrotus_purpuratus mirbase mir-31 1e-40 oan-mir-31 0.00000002 -36.5 ....((((((((((.(((.((((..(((..((((((((((((((......))))...))))))))))..)))..)))).))).))))).)))))..... (-36.50)