mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTGAGACCCTAACTTGTGA ACAGGTTGGTATCTCAGGAATT AAAGAGAGACTGCCCCCCAAATCCCTGAGACCCTAACTTGTGATGTGCTTTTATCAAATCACACAGGTTGGTATCTCAGGAATTTGGTGGGCGTGTCATGC 4 0 5' arm Strongylocentrotus_purpuratus mirbase lin-4 5e-34 xtr-mir-125b-1 0.00000002 -47.14 .......((((((((.((((((.(((((((..((((((((((.((..............))))))))))))..))))))).)))))).))))).))).... (-47.14)