mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTAAGTAGTAGTGCCGCAGGTA CCTGTACACGGCTACTTACAT CTTATGTCCACGTTGCCGATCTAAGTAGTAGTGCCGCAGGTACTGATTATAAAGTGATACCTGTACACGGCTACTTACATTGGCAACGAGTTGGAAAATCA 3 1 5' arm Strongylocentrotus_purpuratus mirbase mir-252 3e-41 ppc-mir-252 0.000005 -42.2 ......((((((((((((((.((((((((.(((..(((((((.(.(((....))).)))))))).))).)))))))).))))))))))...))))...... (-42.20)