mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTGACCGATATAATGGGCAT GTCCAGTATAGCGGTGACAATG TTGTCAATGTGACCGATATAATGGGCATGAATAATCATGATCAATGTCCAGTATAGCGGTGACAATGAGAT 4 0 5' arm Strongylocentrotus_purpuratus mirbase 100 cte-mir-2001 0.0002 -24.3 .(.(((.(((.((((.((((.(((((((((.((....)).)).))))))).)))).)))).))).))).). (-24.30)