mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTCCAATAGGGAGGGCATTGCAG GCAGTGGCTCCTATTGGTCATT CTACTTGTCAATCTTTGGTGCAGTCCAATAGGGAGGGCATTGCAGGTGATATTTGAAAGCCCTGCAGTGGCTCCTATTGGTCATTACCAGATGATTGACATC 3 2 5' arm Strongylocentrotus_purpuratus mirbase 100 100 -47 .....(((((((((((((((..(.((((((((..((.(((((((((.(...........)))))))))).)))))))))).)..))))))).)))))))).. (-47.00)