mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAATGTAATGAAGTATGTAT ACGTACTTCTTTATAATTCCATA GAGGTCTCGTTTACAGAACGTACTTCTTTATAATTCCATACCTTATTCCCATCTGTATGGAATGTAATGAAGTATGTATTGTTAGTCGGGAAAA 2 1 3' arm Saccoglossus_kowalevskii mirbase mir-1 0.00002 bfl-mir-1 0.000001 -32.12 ....(((((...((((.(((((((((.(((((.((((((((.............))))))))))))).))))))))).))))....)))))... (-32.12)