mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGCAAGATGTTGGCATAGCTG GCTGTGTCCTCATATTGCCCTT AAAATTCGCAAATTTAGTGGAGGCAAGATGTTGGCATAGCTGTTTCGATTGAACAGTCAGCTGTGTCCTCATATTGCCCTTTCTTTGTTTGTCACCGTCAC 4 0 5' arm Saccoglossus_kowalevskii mirbase mir-31 0.000001 xtr-mir-31 0.00000008 -33 .......((((((..((.((.(((((.(((..((((((((((.(((....)))....))))))))))..))).)))))))..))..))))))......... (-33.00)