mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCGCCCCTG GGGTCGTCCTGAGACCACATG GCGGAGGTAGAGGAATTCTACAGGGTCGTCCTGAGACCACATGAAACAGATTCAAAATACAAGCATATTTGCTTGTGACCTTTTGTGACTCAGTTCATGTGTTCTCAGGTCGCCCCTGCTGAACTTTTCTCTACCAC GTTCAATGTTCCACTTTAGGCGAAGACATTTCCAAAATATGCGGAGGTAGAGGAATTCTACAGGGTCGTCCTGAGACCACATGAAACAGATTCAAAATACAAGCATATTTGCTTGTGACCTTTTGTGACTCAGTTCATGTGTTCTCAGGTCGCCCCTGCTGAACTTTTCTCTACCACAATACAGCATTGGCGACCAATTCCAATCTATTGCGAATGAACTCAGCACAAATGAAATTGGAGCAAGGGCAAAAGAATGTAGAATGAAATTCTTATTGCATGAATGTGGTTCAGGTAATTAAGCTACAGGATTCTCTTATGTTTGTGGAATTGCATATTTTAAGGCCAGGCACCTGTATCTTATAGGTACCATACCCTTCTAAAATAATCAAACAAATAAGCATAAAAATAACTAACATGAATTAAATCTTGAC 3 0 3' arm Glycine_max mirnest MIR398 0.00000003 mtr-MIR398b 0.000000002 -57.4 .....(((((((((((((..(((((.((.(((((((.((((((((...((.(((...((((((((....))))))))........))).))..)))))))).))))))).)).)))))..)))..)))))))))).. (-57.4)