mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCATGGAGTTGCTCTCTTAA AGGGGAGCATCGCCAGCGACGGT AGGTGGAGTGCTCCTTGTTGGCGAGGGGAGCATCGCCAGCGACGGTATGGCACAATACGCTGTCATGGAGTTGCTCTCTTAATCGCAAGGTAGCCATTACA 5 1 3' arm Saccoglossus_kowalevskii mirbase mir-281 0.0003 cin-mir-281 0.00002 -41.7 ..((((.(.(((((((((.((..(((((((((.(.(((..(((((..((......))..))))).))).).)))))))))..)))))))).)))).)))). (-41.70)