mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGTGCCCATCTTCCCCATC TGGAGAAGCAGGGCACGTGTA TTTGAACCCAACATGGTGTGTGGTGAGCAAGGTGGAGAAGCAGGGCACGTGTATTACTAACTCATCATTGCACCATCATGAAAATGTCTGGACGACATCATGAAGCCAACAAGGTACCTGGTGAGGTCACTGGTTCGAGGTTTCGGGACCTGGGTTCAGTGAGTAATCTCGAGCCAAAAGCTCATGGTTCTTGAAATGAGTTAGTGTTCCATGTGCCCATCTTCCCCATCATGAACACACATACATTAATTTGCGGCAG GCGGGGTATAAATGACCCCGAAATAGATCAGTTTGTTATCCTTAAACCCCCCACCCCCAGTTCTCTTTCTCCAGTCTCTATATCTACATGTATATTTAAGTGGGTGAGTATATTTCATGATCGTAGGTGGCTTTACAGATAGGGTTTGAACCCAACATGGTGTGTGGTGAGCAAGGTGGAGAAGCAGGGCACGTGTATTACTAACTCATCATTGCACCATCATGAAAATGTCTGGACGACATCATGAAGCCAACAAGGTACCTGGTGAGGTCACTGGTTCGAGGTTTCGGGACCTGGGTTCAGTGAGTAATCTCGAGCCAAAAGCTCATGGTTCTTGAAATGAGTTAGTGTTCCATGTGCCCATCTTCCCCATCATGAACACACATACATTAATTTGCGGCAGATGTTACAGTGTCATCACTGCTGTGAATAACTGACAACGTCGCTACAGATATCATGCTTCAATTCTTCAGGTGACAAGTTTATATATCCTCCAAATATAGAAAATAAAAGCTATGAAAACTTGATTAAAACCATTTTTTCTTATAAGTTGATCGTTTTTTGTTTGAACCTTTTGTCGGGTTAGAGTTTTGCCATTGTTACTTCGAAAACACCAACACTTGTTAAATTATCACCGCGAGTTTTAGAATCCACCGACAAAAAACTATGTTGTATTGTATATAGTAGTTGATGAATGATGACACTACGTTGTTGCTAAAA 3 0 3' arm Cichorium_intybus mirnest MIR164 0.00000000002 ptc-MIR164e 0.0000000000009 -87.2 ......(((((..((((((((((((..((.(((((.((((..(((((((((...(((((((((((((....((((((((((...((((.....)))))))))).((((..........))))(((((((((((.((.(((((....))))).)).)))))))....))))((((.....)))).))))...)))..))))))))))...)))))))))..)))).))))).))..))).)))))))))..))).))... (-87.2)