mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATTGCACATGATAGTGGGGCT CCTTGGTATCATGTGCATATAG TCGCTTCAGTACACAGTGTGTATCCTTGGTATCATGTGCATATAGTTTAATAAGTGATCCCATTGCACATGATAGTGGGGCTACAAGCTGTGCAATACTGC 5 0 3' arm Saccoglossus_kowalevskii mirbase 100 100 -38.5 ......(((((((((((.((((.(((((.(((((((((((....(((........))).....))))))))))).))))).)))).))))))...))))). (-38.50)