mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCC AGCTTTCTTCAGTCCACTT CCTAAGCGACGGTAAGAGAGCTTTCTTCAGTCCACTTATGGGTGACAATAAGATTTCAATTAGCTGCCGACTCATTCATCCAAATGCTGAGTGAAAGCGAAGAAAGATACTCAGCAAATGAGTGAATGATGCGGGAGACAAATTGATTCTTAAGTGTCCTGTACTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTTTTCTTTTGAAT ACGAGGTTCTGAAGATAATCCTTTTGTAAGATATTTAGTTTAATTTCGTTATTTCCTTCTCAATACTTATTCGTAGTTACCAGTTACTAGTACTACCCTTTGTGTGCCTCTGTGCACTTGTTTAATTAACGATGGGCACCTTTTAGTTTGCGTTTTGTTGAAAACCACGCAGATCTGTGCAGTGGTGTTGGTGGTAAGTCCTAAGCGACGGTAAGAGAGCTTTCTTCAGTCCACTTATGGGTGACAATAAGATTTCAATTAGCTGCCGACTCATTCATCCAAATGCTGAGTGAAAGCGAAGAAAGATACTCAGCAAATGAGTGAATGATGCGGGAGACAAATTGATTCTTAAGTGTCCTGTACTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTTTTCTTTTGAATCTTCTCTTTTCCTTTCTTCTATTTTGCACATGACAAGCATTATATCAT 2 0 3' arm Glycine_max mirnest MIR159 2e-56 gma-MIR319b 9e-108 -71.7 ......(((.((.(((.(((((((((((((((((..((((((..(((.(((((..((((((..((.(((..((((((((.((..(((((((((..............)))))))))..)).))))))))..))).))...)))))).)))))..)))))))))..))))))))))))))))).)))...)).)))... (-71.7)