mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGGAGTGAAGGGAGCTCCA GAGTTCCCTGCACTCCAAGTC CAAACCCAACTTGGAGTTCCCTGCACTCCAAGTCTGAAAGGATATGATGGTAAACCTCTACTGCTAGTTCATGGATACCTCTGACTTCTTAACAACATGCGTTCGAAGTCAAGGGTTTGCATGCCCTGGGAGATGAGTTTACCTTGATCTTTTGGTATTGGAGTGAAGGGAGCTCCAGAGGGTATTC CTTATCAAAGCAGTGTGATAGGGCATTGGGTATCAAACCCAACTTGGAGTTCCCTGCACTCCAAGTCTGAAAGGATATGATGGTAAACCTCTACTGCTAGTTCATGGATACCTCTGACTTCTTAACAACATGCGTTCGAAGTCAAGGGTTTGCATGCCCTGGGAGATGAGTTTACCTTGATCTTTTGGTATTGGAGTGAAGGGAGCTCCAGAGGGTATTCTCAAGCCCTGGCCTTATTTTGTTATAGCCATGCTCACACAACCCTTTCTCTATCTCTCTTTCAGTTTATATACCTTAGTTATATATTTTGTGGATTTTTTTGTGATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAACTAATATCTTGTCTTCACATTTGTGTCTGAAAAAGTTGTTGCTGTCGATGGGTGCTGATTTTTATTTATCAATTACAAATATGGAGGAACTCATCTAATGCATGATGCTATTTTAATCCTGATATAACCCAGAGAAGAATCTTATCCTTTTTCTCCTT 2 0 3' arm Glycine_max mirnest MIR159 0.00000001 gma-MIR159b 5e-103 -76.1 ...((((...((((((((((((.((((((((..((((((((.((....(((((((.((..((.((((..((((...((((.(((((((..(((.......))).))))))).))))...))))..)))).))..))))))))).)).))))))))..)))))))).)))))))))))).)))).... (-76.1)