mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATAAAGCTAGGTTACCAAAGTTA TTTTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGA AGAGGATGAAGGCGCTGATATTTTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGAGTGATATTAACATCATAAAGCTAGGTTACCAAAGTTAACAGCACTGCCGTAATGC 3 3 3' arm Ixodes_scapularis mirbase mir-9 7e-27 dpu-mir-9 6e-18 -35.4 ..........(((((((.((....(((((((.((((((((.(((((((.......)).))))).)))))))).))))))).)).))))...)))....... (-35.40)