mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGTCCCCTTCAACCAGCTGT AGCTGGCTGAAGCCGGGCCAAAT TTAGCTGGCTGAAGCCGGGCCAAATCGTCATAATTCCTATGAAAAGGAATCTCAATACATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTGGTTGGCATAGCTCAACAA 3 1 3' arm Ixodes_scapularis mirbase mir-133 6e-46 dpu-mir-133 0.0000000003 -38.4 .(((((((.(((((..(((((((((.((....((((((......))))))......))))))))))).))))).)))))))..((((((...)).)))).. (-38.40)