mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAACACAGCTGGTGGTATATCAGT AGTGTACCACCCTGAGTTCCCA TTCGACATGGCCTCGCCTGACAGTGTACCACCCTGAGTTCCCACGTGCGTTTGCCCAGTGTGAACACAGCTGGTGGTATATCAGTCAGTCGCGGCATCTAC 3 3 3' arm Ixodes_scapularis mirbase mir-317 4e-44 dpu-mir-317 0.000005 -42.5 .........(((.((.(((((.(((((((((((((.((((.(((..((....))...))).)))).)))..))))))))))..))))).)).)))...... (-42.50)