mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATCACAGCCAGCTTTGATGAGC TCGCAAAGTGGCTGTCATGTG CTACTACGTGCCGCTCGCAAAGTGGCTGTCATGTGTCCCAATTTCAAGTTTAGCGTTTCATATCACAGCCAGCTTTGATGAGCGGGACGTTTTGTGGCCTT 1 2 3' arm Daphnia_pulex mirbase mir-2 0.000000001 isc-mir-2a 0.0000000003 -42.8 ((((.((((.(((((((((((((((((((.(((((.......................))))).))))))).))))).))))))).))))...)))).... (-42.80)