mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATCACAGCCAGCTTTGATGAGC TTGTCAGAGTGGTTGTGATGTG CAAGGGTGTCGTGTGTATTAGCTTGTCAGAGTGGTTGTGATGTGCGTCATGTTGTACTCGTATCACAGCCAGCTTTGATGAGCGCTACGCTCGACTTGTTG 3 1 3' arm Daphnia_pulex mirbase mir-2 0.000000001 ame-mir-2-2 0.00000000008 -47 (((.((.((((.(((((...(((..(((((((((((((((((((((......)))))....)))))))))).))))))..)))..))))).)))))).))) (-47.00)