mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAAAGACATGGGTAGTGAGATG TCTCACTACTTTGTCGTTCATG GCGTTGTGAAAGGCATCGGCCTGAAAGACATGGGTAGTGAGATGTTGGCCTGGTAGTTCCTCACCTCTCACTACTTTGTCGTTCATGTCGTGCACTTTTCC 3 1 5' arm Daphnia_pulex mirbase mir-71 0.0000004 ame-mir-71 0.00000008 -38 .......((((((((.((((.((((.((((.(((((((((((....((...((.....))...))))))))))))))))).)))).))))))).))))).. (-38.00)