mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACCCGTAGATCCGAACTTGTGT TTGATGACATCACAAGTACGATTCTAAGGGTCCA AACTTACGTTGACTCGCTCGAACCCGTAGATCCGAACTTGTGTGTGAATTCACCCCAAATTCATAATTGATGACATCACAAGTACGATTCTAAGGGTCCAA 5 11 5' arm Daphnia_pulex mirbase mir-10 0.0000004 bfl-mir-100 0.000005 -25.2 ...................(.((((.((((..((.(((((((((((((((.......))))))))...........))))))).))..)))).)))).).. (-25.20)