mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCATAGTCACAAAAGTGATG TCATTTTTGTGATTTTTGCAATT ATATCATCTGTGGCTCACCTCTCATTTTTGTGATTTTTGCAATTTAAATTAAACAATTAATTGCATAGTCACAAAAGTGATGGGTGCTTTGCAGAATTTGT 2 1 3' arm Daphnia_pulex mirbase mir-153 0.000005 bma-mir-153 0.00000008 -39.24 ......((((..(..(((((.((((((((((((((..(((((((..............))))))).)))))))))))))).)))))..)..))))...... (-39.24)