mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTGGCCTGCTAAGTCCCAAA CGGGATTTAGTGGATCAGCTGTT AATGTTTTTACTTTTCGGGATTTAGTGGATCAGCTGTTGATTTATGTAAAATACTGGCCTGCTAAGTCCCAAAAAGTGAAAATTCA 5 1 3' arm Daphnia_pulex mirbase 100 ame-mir-193 0.00006 -34.1 ...((((((((((((.(((((((((..(..(((.((((...........)))))))..)..))))))))).))))))))))))... (-34.10)