mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTAAGTACTCGTGCCGCAGGAG CCTGCTGCTCAAGTTCTTAACC AGATGATTCCTACCCCGTTCCTAAGTACTCGTGCCGCAGGAGAGATGTATTAATCTGCAAGTTCCTCCTGCTGCTCAAGTTCTTAACCAATGGGTGGGAG 5 0 5' arm Daphnia_pulex mirbase mir-252 0.0003 aae-mir-252 0.00002 -38 .......((((((((......((((.(((.(.((.(((((((.((((((......))))...))))))))).)).).))).))))......)))))))). (-38.00)