mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TATTGGCCTGGTTCACTCAGA AAGACACAAGTATATGAAGTAGTTATTGTGATATTGGCCTGGTTCACTCAGACATGTATACCACGGCACGGTTGTGTCCTTGCTAGAAAGATTTAAAACAAAATACATGTTGTGATTGTGGTTTTGGGTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCTCAGTGCTATTTCATGTTTGCAAATGAT GGACACAACACAACCTTCAATGGAACACTATCTCCTCTCTTTTCTCTTTGCCCTGTGCCTTCTTGGCTTCTTCTCTTCTCTGCAAACACAGCAGCCTCGTTAAGACACAAGTATATGAAGTAGTTATTGTGATATTGGCCTGGTTCACTCAGACATGTATACCACGGCACGGTTGTGTCCTTGCTAGAAAGATTTAAAACAAAATACATGTTGTGATTGTGGTTTTGGGTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCTCAGTGCTATTTCATGTTTGCAAATGATACCTAGGACTGTAGAAAGACAACCTCAAAAGCAAAGGTTTGTTTGTCTTCTTCTCATGTCATATTAAATTATTCGCTTGTACTTTGGATATGGACCATATGGTTGGGTGAAAATGCCTGGTGAATAGGTGATTAATTATTACTTCTAGGTGGTAAGAGTTTATTTTTTTTGTTTAAGTGAAGAAAATCAGAAACAAGAAGTGAAAGCCTGATGATGATGATGATGATGAATAGGAGGCTTTTCTTACTAGAAAATAAGCTGAAGAAACAAAATGAAAGGAAACTGTATTGTTCCCCTACAAACAAGTGAGTAAGAATGCATGACAATGAAAAGACATCCTGTAAGACACAGCATACCACAAGGAATGGCAAAGGGTTTTATTTATTTATTCGCAAATAATTTTTTTATTTATGTTTGAATCTTTACAATTTCTTTTATACTCGTATCTTTTATAAAGAATT 2 0 3' arm Glycine_max mirnest MIR171_1 0.00000000000005 mtr-MIR171g 0.00000000000001 -56.4 .........((((((((((((((.((((.(((((((((.(((((((.((((((.((...((((((.((((..(((((..(((.((((....))))...))).)))))...))))..))))))..)).)))))).))))))).))))))))).))))))))))))))))..))....... (-56.4)