mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCG CGTGCTGCGACAGGTGCTTCCGGCT ATATTACTGGCCACTCCCCGTGCTGCGACAGGTGCTTCCGGCTGTGTTAATAATTGCGAGTCAGGTACCTGAAGTAGCGCGCGGAGTGGCTCGGAACGATCTC 3 2 3' arm Daphnia_pulex mirbase mir-275 0.00000009 bmo-mir-275 0.000000005 -53.7 ......(((((((((((.((((((((..(((((((((..((((.(((........))))))))))))))))..)))))))).)))))))).)))......... (-53.70)