mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCATGGAGCTGCTCTCTTTAT AAAGAGAGCTATCCGTGAACAGT AGAGCTTGAGCCGCAAAGAGAGCTATCCGTGAACAGTATGCTGTGTGTGCGAAAATTCACTGTCATGGAGCTGCTCTCTTTATGGACA 3 2 3' arm Daphnia_pulex mirbase mir-281 0.00007 aga-mir-281 0.000004 -31.82 .........((((.(((((((((..(((((((.((((......((....)).......)))))))))))...))))))))).))).). (-31.82)