mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAATATCAGCAGGTAATTCT ACTGCCGGCTGGTATCAGG CTGCTGATGGCTTCTGATACGGCCAAATATCAGCAGGTAATTCTGGGCAGTTATTATCCTTGGACTTGATTAAAATACAAGGAAGAACCCAGACTGCCGGCTGGTATCAGGCCGTG 4 1 5' arm Daphnia_pulex mirbase 100 ame-mir-283 0.0003 -43.96 ..((.....))......(((((((..((((((((.((((..((((((...((....((((((...............)))))).)).)))))).)))).))))))))..))))))) (-43.96)